此后，布勞恩不僅找到了合適的導(dǎo)彈試驗基地——佩內(nèi)明德，同時開始研究新的武器計劃——V-2火箭計劃，更是出任技術(shù)部主任，可以說為二戰(zhàn)中的德國貢獻良多。1942年10月3日，V-2首次發(fā)射成功，伴隨著這一毫無預(yù)警的殺傷性武器的誕生，布勞恩的太空旅行夢想也更多地演變?yōu)榱艘粓錾乐畱?zhàn)。
納粹的V-2火箭
鋃鐺入獄的“火箭之父”
當(dāng)布勞恩的團隊完成V-2火箭的設(shè)計之際，大規(guī)模的火箭生產(chǎn)已經(jīng)開始進行。此時的布勞恩雖然希望自己的作品擁有用武之地，但絕不是在戰(zhàn)場上，對于這樣的結(jié)果，布勞恩難掩失望與無奈。1944年，布勞恩在一次宴會上借著酒勁，表達了這種憤懣的心情，他對身旁的同事說到，“火箭的確發(fā)射成功了，但它落在了錯誤的星球”，以此表明太空領(lǐng)域的火箭研究才是自己唯一的真正興趣所在。
然而，正是這句看似無關(guān)緊要的感慨，卻差點要了布勞恩的命。在納粹官員看來，任何背離納粹黨目標(biāo)的行為都可以稱為背叛，而布勞恩沒有贊揚V-2火箭的摧毀效果，那么他就是背叛。于是，1944年3月，蓋世太保以破壞罪逮捕了布勞恩，指控他在宴會上發(fā)表“飛船比武器更重要的”逆反言論，隨時有被處決的危險。在危急之時，布勞恩的上司多恩伯格找到了軍需部長，并與其共同向納粹黨施加了壓力，才使布勞恩重獲自由。