相對于這些優(yōu)點，指紋識別的缺點也很容易發(fā)現(xiàn)，例如說指紋的信息容易被盜取和復(fù)制，很多我們生活中接觸的東西都會留下指紋，不過我們又不是在拍偵探電影，這種級別的潛在危險可能大部分用戶覺得相對次要。對于日常生活來說，更多的煩惱來自于現(xiàn)在指紋識別成功率還不能做到百分百，例如如果手指太臟或附著異物的話，就會識別失敗。
而對于虹膜掃描，安全性似乎是妥妥穩(wěn)勝指紋識別的地方，不同于指紋輕易就可以采集和復(fù)制，獲取更高分辨率的虹膜信息，幾乎是不可能完成的任務(wù)。另外由于虹膜識別只能檢測活體虹膜信息，眼球一旦剝離人體后虹膜會隨瞳孔放大而失去活性，因此拿照片、視頻等，都無法被識別的，復(fù)制成隱形眼鏡也同樣識別不了。
易用性上，雖然虹膜掃描的應(yīng)用場景也已經(jīng)相當大，包括佩戴隱形眼鏡和墨鏡、甚至無視弱光環(huán)境，但仍存在較高的延遲以及成功率降低等問題;另外相對于已經(jīng)高度成熟的指紋識別，虹膜掃描剛開始應(yīng)用時，對于解鎖距離的調(diào)試肯定還需要一段改進的時間，像之前有虹膜識別的Lumia 950/XL卻仍然被用戶批評解鎖不靈敏。另外用戶也需要學(xué)習(xí)上手的時間，現(xiàn)在大部分用戶已經(jīng)習(xí)慣了指紋識別，除了解鎖，還滲透到了隱私空間、指紋支付等場景，因此即使虹膜掃描后來居上，要取代大家用習(xí)慣了的指紋識別也不是容易的事情。