當(dāng)然，事物的兩面性決定了各種生物識(shí)別技術(shù)在具有優(yōu)勢(shì)之外也不可避免有一些劣勢(shì)。比如指紋是一種很容易被竊取和復(fù)制的特征，安全性較低，而且指紋特征的穩(wěn)定性較差，脫皮、表皮繭子，干濕狀態(tài)都會(huì)影響指紋的應(yīng)用;由于人臉是三維的，受光線、表情、胖瘦、毛發(fā)，運(yùn)動(dòng)影響很大，同時(shí)由于也是表面特征，容易被偽造復(fù)制，用于做身份識(shí)別、刑偵時(shí)穩(wěn)定性及安全性較低;虹膜識(shí)別在使用時(shí)需要通過(guò)紅外光或可見(jiàn)光照射眼睛取得圖像，使用者配合程度低，有較高的心理排斥性，因此不適用于身份證這樣的大人群應(yīng)用。此外，目前市場(chǎng)上出現(xiàn)的美瞳等產(chǎn)品能改變虹膜的特征，比較容易復(fù)制等等。
當(dāng)單一的生物識(shí)別缺點(diǎn)凸顯時(shí)，多重生物識(shí)別的優(yōu)勢(shì)就會(huì)被放大。浙江大華技術(shù)股份有限公司產(chǎn)品經(jīng)理滿江月認(rèn)為，多重生物識(shí)別技術(shù)采用了多種生物特征，當(dāng)某一種特征受到影響時(shí)，其它特征仍能保證系統(tǒng)正常工作，因而提高了系統(tǒng)的魯棒性和準(zhǔn)確性。上海安威士科技股份有限公司產(chǎn)品戰(zhàn)略部經(jīng)理游鋒則認(rèn)為，多重生物識(shí)別技術(shù)的高安全性，可有效降低非法入侵者進(jìn)入系統(tǒng)的風(fēng)險(xiǎn);其識(shí)別準(zhǔn)確率高，雖然單項(xiàng)生物識(shí)別技術(shù)也能達(dá)到較高的安全性，但多重生物識(shí)別技術(shù)能將安全性和可靠性大幅提升；此外，多重生物識(shí)別技術(shù)解決了系統(tǒng)的整體實(shí)用性，基于單項(xiàng)生物識(shí)別技術(shù)的系統(tǒng)，經(jīng)常因?yàn)槟承┨厥獾氖褂谜?，而影響其整體的實(shí)用性和安全性。杭州?？低晹?shù)字技術(shù)股份有限公司顧春梅也告訴我們，多重生物特征解決方案的好處是能延伸到人體多個(gè)生物識(shí)別部分，進(jìn)入控制區(qū)域從而獲取更多的比對(duì)數(shù)據(jù)。這樣，就能使生物特征識(shí)別系統(tǒng)更安全，入侵者用人造物或模仿品來(lái)同時(shí)騙過(guò)多生物特征基本上是不可能的，而個(gè)人在某項(xiàng)特征不便時(shí)亦可靈活調(diào)換。
然而多重生物識(shí)別技術(shù)的有效執(zhí)行，依賴于精密的生物特征采集設(shè)備、高性能運(yùn)算處理器(或運(yùn)算平臺(tái))以及優(yōu)質(zhì)識(shí)別算法，而這些都需要投入很高的實(shí)施、使用及維護(hù)成本，一般性企業(yè)及單位無(wú)法承受，其用戶體驗(yàn)也不如單一識(shí)別技術(shù)。此外，多重生物識(shí)別技術(shù)的內(nèi)部算法設(shè)計(jì)和邏輯設(shè)計(jì)更加復(fù)雜，如果處理不好反而會(huì)降低系統(tǒng)性能。