中國(guó)IDC圈6月16日?qǐng)?bào)道,基因數(shù)據(jù)共享(GDC)項(xiàng)目,是一個(gè)可以增進(jìn)科研人員之間分享基因組和臨床數(shù)據(jù)的統(tǒng)一的數(shù)據(jù)系統(tǒng),該項(xiàng)目美國(guó)副總統(tǒng)Joe Biden訪問芝加哥大學(xué)運(yùn)營(yíng)中心時(shí)候開始著手建立的。在美國(guó)國(guó)立癌癥研究院(NCI)的倡導(dǎo)下,GDC將會(huì)成為國(guó)立癌癥研究院和奧巴馬總體提出的關(guān)于精準(zhǔn)醫(yī)療倡議(PMI)的核心組成部分。GDC將會(huì)從分配給NCI的7千萬(wàn)美元資金當(dāng)中獲得研發(fā)基金支持,NCI將會(huì)致力于癌癥基因組學(xué)的研究,這也是為腫瘤學(xué)研究所建立的PMI項(xiàng)目中最為關(guān)鍵的一步。GDC項(xiàng)目的建立就是為了讓NCI的癌癥基因組圖譜(TCGA)這樣的大規(guī)模研究項(xiàng)目中所獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行集中化管理,并將這些數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化建設(shè),同時(shí)讓更多科研人員可以獲得并使用數(shù)據(jù)。
Biden Designates NCI’s Genomic Data Commons As “Foundational Element” of Cancer Moonshot
TCGA和TARGET代表著當(dāng)今世界上最大且綜合性最強(qiáng)的癌癥基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù),這些數(shù)據(jù)庫(kù)容量超過2千萬(wàn)億字節(jié)(1千萬(wàn)億字節(jié)等同于223,000張DVD光盤的儲(chǔ)存能力)。同時(shí)GDC也會(huì)為全世界有志于分享個(gè)人科研數(shù)據(jù)的研究人員設(shè)立了癌癥基因組學(xué)和臨床數(shù)據(jù)的提交入口。這種做法,可以讓研究人員能夠使用GDC最先進(jìn)的分析技術(shù),并可以將個(gè)人的研究成果與GDC當(dāng)中的其他數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)。
GDC中的數(shù)據(jù)代表了成千上萬(wàn)名癌癥患者和腫瘤的信息,使用標(biāo)準(zhǔn)化的算法可以對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)一處理,這樣就可以讓數(shù)據(jù)得到任何一名癌癥研究人員的使用。當(dāng)計(jì)算方式和基因組注釋改進(jìn)的同時(shí),GDC中的原始基因組數(shù)據(jù)可以實(shí)現(xiàn)重新分析的功能。值得我們關(guān)注的是,在這個(gè)注重個(gè)人數(shù)據(jù)隱私和授權(quán)獲取數(shù)據(jù)使用權(quán)限的年代,GDC在數(shù)據(jù)的儲(chǔ)存和下載方面建立了相當(dāng)嚴(yán)苛的安防機(jī)制。
“有了GDC,NCI已經(jīng)開始承擔(dān)長(zhǎng)期維護(hù)癌癥基因組學(xué)數(shù)據(jù)及為科研人員提供免費(fèi)使用入口的責(zé)任,”NCI的代理主任,醫(yī)學(xué)博士Douglas Lowy說(shuō)。“隨著時(shí)間的推移,來(lái)自更多的癌癥患者的數(shù)據(jù)將會(huì)不斷增強(qiáng)GDC數(shù)據(jù)對(duì)于病情研究的解釋能力,最后,GDC將會(huì)加速我們精準(zhǔn)醫(yī)療的進(jìn)展。”
GDC項(xiàng)目目前正在建設(shè),并由芝加哥大學(xué)數(shù)據(jù)密集型科學(xué)中心管理,并與加拿大安大略癌癥研究所合作。
“特別重要的是,GDC也將會(huì)儲(chǔ)存NCI新的臨床試驗(yàn)患者基因測(cè)序數(shù)據(jù),”NCI的 Louis M. Staudt,醫(yī)學(xué)博士說(shuō)。“這些數(shù)據(jù)庫(kù)可以幫助我們更好理解到底哪種診療方式會(huì)更適合我們的癌癥患者。當(dāng)更新的數(shù)據(jù)和研究成果加進(jìn)來(lái)的時(shí)候,GDC將會(huì)變得更加智能,更加完善,會(huì)促進(jìn)我們獲得有關(guān)癌癥研究的更多發(fā)現(xiàn),提高癌癥患者治療的成功幾率。”
對(duì)GDC,人們寄予很高的期望,因?yàn)镚DC將會(huì)從根本上成為癌癥研究和治療的綜合知識(shí)系統(tǒng)。GDC科研人員可以把基因和臨床數(shù)據(jù)(比如郭癌癥掃描圖像和組織切片數(shù)據(jù))與腫瘤的分子輪廓分析以及治療反應(yīng)整合。