軟件資源:
LAMMPS | 主要用于分子動力學相關的一些計算和模擬工作 |
GROMACS | GROMACS是一個功能強大的分子動力學的模擬軟件,其在模擬大量分子系統(tǒng)的牛頓運動方面具有極大的優(yōu)勢。 |
ABINIT | ABINIT適于固體物理,材料科學,化學和材料工程的研究,包括固體,分子,材料的表面,以及界面,如導體、半導體、絕緣體和金屬。 |
OpenFOAM | OpenFOAM是一個完全由C++編寫的面向?qū)ο蟮腃FD類庫,每一種流體流動都可以用一系列的偏微分方程表示,求解這種運動的偏微分方程的代碼,即為OpenFOAM的一個求解器。針對一個簡單的單相牛頓流體層流運動,icoFoam即可進行求解。 |
Siesta | 用于分子和固體的電子結(jié)構(gòu)計算和分子動力學模擬。SIESTA 使用標準的Kohn-Sham 自恰密度泛函方法,計算使用完全非局域形式(Kleinman-Bylander)的標準守恒贗勢。 |
DL-POLY | L_POLY是串行和并行分子動力學模擬軟件包。DL_POLY目前有兩個版本。DL_POLY_2是原始版本,用復制數(shù)據(jù)的方法并行化,適用于在100個處理器上模擬三萬個原子的情況;DL_POLY_3的并行化使用區(qū)域分解,適用于在8至1024個處理器上,模擬百萬量級的原子。對于一個DL_POLY許可,同時提供兩個版本。DL_POLY還提供基于JAVA語言的圖形用戶界面 |
CPMD | CPMD計算軟件是意大利理論物理研究中心發(fā)布的Quantum-ESPRESSO計算軟件包中的兩大模塊之一。Quantum-ESPRESSO軟件包的開發(fā)遵守GNU自由軟件的協(xié)議,是基于密度泛函理論,應用平面波基組和贗勢方法的第一性原理計算軟件。先前由于計算軟件的落后而使得一些有用的方法如線性響應、超軟贗勢CP分子動力學(MD)方法等,受到了應用上的阻礙,這個軟件的發(fā)布正是基于這種情況,從而提供了應用這些方法的一個平臺。它包括兩大模塊:PWscf和CPMD |
PETSc | PETSc包含一套正在擴充的并行線性、非線性方程解法器和時間積分器,它們可能在用FORTRAN、C和C++編寫的應用代碼中被用到。PETSc提供并行應用代碼中所需的許多機制,如并行矩陣和向量聚集程序。 |
NWChem | NWChem是運行在高性能并行超級計算機和通常工作站集群上的計算化學軟件,可以用在大多數(shù)計算平臺上。NWChem使用標準量子力學描述電子波函或密度,計算分子和周期性系統(tǒng)的特性,還可以進行經(jīng)典分子動力學和自由能模擬。 |
GAMESS | GAMESS,從頭計算量子化學程序,可以從RHF,ROHF,UHF,GVB和MCSCF計算波函,其中一些使用CI和MP2修正。自恰場的解析梯度用于自動幾 何優(yōu)化,過渡態(tài)尋找,跟蹤反應路徑。能量hessian的計算允許預測振動頻率??梢杂嬎愦罅康姆肿犹匦裕瑥暮唵蔚呐紭O矩到含頻率超級極化率。內(nèi)部儲存了 大量基組和有效核勢,分子中可以包含到Ra的所有元素。幾個圖形程序用于顯示最終結(jié)果。支持并行計算 |
NAMD | NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics)是用于在大規(guī)模并行計算機上快速模擬大分子體系的并行分子動力學代碼。NAMD用經(jīng)驗力場,如Amber,CHARMM和Dreiding,通過數(shù)值求解運動方程計算原子軌跡。 |
AutoDock | AutoDock是The Scripps Research Institute的Olson科研小組使用C語言開發(fā)的分子對接軟件包,目前最新的版本為4.01。AutoDock其實是一個軟件包,其中主要包括AutoGrid和AutoDock兩個程序。其中AutoGrid主要負責格點中相關能量的計算,而AutoDock則負責構(gòu)象搜索及評價 |
DOCK | DOCK是UCSF Kuntz小組于1982年開發(fā)的分子對接程序,早期的版本以剛性對接為主,從4.0版開始考慮配體的柔性。像這樣的半柔性(剛性受體-柔性配體:rigid receptor-flexible ligand docking)對接程序還有AutoDock、FlexX等。 |
ANSYS | ANSYS軟件是融結(jié)構(gòu)、流體、電場、磁場、聲場分析于一體的大型通用有限元分析(FEA)軟件,具有多種有限元分析的能力,包括從簡單線性靜態(tài)分析到復雜的非線性瞬態(tài)動力學分析??梢杂脕砬蠼饨Y(jié)構(gòu)、流體、電力、電磁場及碰撞等問題。 |
FLUENT | Fluent軟件是一個通用的CFD軟件包,用來模擬從不可壓縮到高度可壓縮范圍內(nèi)的復雜流動。采用多種求解方法和多重網(wǎng)格加速收斂技術(shù),可以達到最佳的收斂速度和求解精度,在轉(zhuǎn)換和湍流、傳熱與相變、化學反應與燃燒、多相流、旋轉(zhuǎn)機械、動\變形網(wǎng)格、噪聲、材料加工、燃料電池等方面廣泛應用。 |
CFX | CFX是大型商業(yè)CFD軟件,具有豐富的物理模型和完善的前后處理,模擬諸如燃燒,多相流,化學反應等復雜流場,與ANSYS Structure及ANSYS Emag等軟件配合,實現(xiàn)流體分析和結(jié)構(gòu)分析,電磁分析等的耦合。ANSYS CFX在結(jié)果精確性,計算穩(wěn)定性,計算速度和靈活性上都有優(yōu)異的表現(xiàn)。 |
AUTODYN | ANSYS AUTODYN是一種顯式非線性動力分析軟件,可以對固體、流體和氣體的動態(tài)特性及他們之間相互所用進行分析,可提供友好的用戶圖形界面,把前處理、分析過程和后處理集成到一個窗口環(huán)境里面,并且可以在同一個程序中進行二維和三維的模擬。 |
DYTRAN | 是解決仿真高度非線性、瞬態(tài)動力響應和流固耦合問題的通用軟件 , 提供拉格朗日求解器和歐拉求解器,具有快速模擬瞬態(tài)高度非線性結(jié)構(gòu)、氣體、液體流動、流體-結(jié)構(gòu)相互作用特點。 |
MARC | 是處理高度組合非線性結(jié)構(gòu)、熱及其他物理場和耦合場問題的高級有限元軟件,被廣泛應用于產(chǎn)品加工過程仿真,性能仿真和優(yōu)化設計。MSC.Marc獨有的基于區(qū)域分割的并行有限元技術(shù),能夠?qū)崿F(xiàn)現(xiàn)在共享式、分布式或網(wǎng)絡多CPU環(huán)境下非線性有限元分析準線性甚至超線性的并行性能擴展比。 |
ADAMS | 世界上應用最廣泛的機械系統(tǒng)仿真分析軟件, Adams幫助工程師研究運動部件的力量變化,在整個機械系統(tǒng)內(nèi),荷載和力量是如何分配的,并改善和優(yōu)化其產(chǎn)品的性能。 |
NASTRAN | Nastran的是世界上使用最廣泛的有限元分析(FEA)求解器,解決從簡單到復雜、結(jié)構(gòu)線性、非 線性、熱、流體和耦合系統(tǒng)等問題。具有開放式的結(jié)構(gòu)、全模塊化的組織結(jié)構(gòu),主要分析功能: 靜力分析、屈曲分析、動力學分析、熱分析、氣動彈性及顫振分析、流-固耦合分析、多級超單元分析、高級對稱分析、設計靈敏度及優(yōu)化分析、復合材料分析、轉(zhuǎn)子動力學特性分析。 |
ACTRAN2014 | 最全面的預測結(jié)構(gòu)和機械系統(tǒng)聲場和振動-聲場性能的工具,支持流體有限元與無限元、結(jié)構(gòu)實體單元、實體殼單元、梁單元、薄殼單元等。 |
PATRAN | 是一個集成的并行框架式有限元前后處理及分析仿真系統(tǒng)。其完整的CAE集成環(huán)境包括開放式、多功能的體系結(jié)構(gòu)可將工程設計、工程分析、結(jié)果評估、用戶化設計和交互圖形界面。 |
COMSOL | 大型的高級數(shù)值仿真軟件。廣泛應用于各個領域的科學研究以及工程計算,被當今世界科學家稱為“第一款真正的任意多物理場直接耦合分析軟件”。能夠模擬科學和工程領域的各種物理過程,COMSOL Multiphysics以高效的計算性能和杰出的多場雙向直接耦合分析能力實現(xiàn)了高度精確的數(shù)值仿真。 |
GAUSSION | 綜合性量子化學軟件包,是目前應用最廣泛的計算化學軟件,支持常用半經(jīng)驗方法、從頭計算法及密度泛函理論等。 |
MATLAB | 商業(yè)數(shù)學軟件,用于算法開發(fā)、數(shù)據(jù)可視化、數(shù)據(jù)分析以及數(shù)值計算的高級技術(shù)計算語言和交互式環(huán)境,主要包括MATLAB和Simulink兩大部分。 |
LS-DYNA | 功能齊全兼具顯式和隱式功能的有限元求解器,可適用于求解各種二維、三維非線性結(jié)構(gòu)的碰撞、金屬成型等非線性物理過程,也可以求解傳熱、流體及流固耦合等問題。 |
硬件資源:
天河一號 | 長沙中心的天河一號系統(tǒng)中配置了3個管理結(jié)點、128個存儲處理與服務結(jié)點組成的服務陣列、64個可視化結(jié)點構(gòu)成的可視化陣列、4個四路登陸服務結(jié)點、4個八路服務結(jié)點以及26個I/O結(jié)點。 |